문헌서원은 고려 말 충신인 목은 이색 선생과 가정 이곡 선생의 학문적 업적과 덕행을 추모하기 위해 세운 서원이다. 문헌서원의 최초 창건연대는 정확한 기록으로 확인하기 어렵다. 단지 이성중(李誠中)이 한산군수로 재임하던 1580년대 초반이라고 보여지나, 기록상 창건연대는 1594년(선조 27)으로 전해지며, 처음 이름은‘효정사(孝靖祠)’이다. 효정사는 그 후 정유왜란으로 소진되어 겨우 사우만이 남아 있었는데 1610년(광해군 2) 한산 고촌으로 이건하였으며, 1611년(광해군 3)에